2016年4月21日，云南建工集团有限公司、十四冶建设集团有限公司和西南交通建设集团股份有限公司整合重组成立云南省建设投资控股集团有限公司。云南建工集团有限公司总承包部更名为云南省建设投资控股集团有限公司总承包三部。


2009年11月，云南建工集团总公司进行公司制改造，成为国有独资的云南建工集团有限公司，

原云南建工集团总公司总承包部更名为云南建工集团有限公司总承包部。

云南建工集团总公司总承包部

2007年9月1日，集团公司通过对原云南中建工程公司、云南建工集团总公司海外部、云南建工集团总公司工程经营部的资源进行整合，成立云南建工集团总公司总承包部和云南建工集团总公司国际工程部。

云南建工集团总公司工程经营部

1993年6月15日，云南省建筑工程总公司组建云南建工集团总公司，原云南省建筑工程总公司工程经营部过渡到云南建工集团总公司工程经营部。

云南省建筑工程总公司工程经营部

1993年3月10日，工程部与经营部合并为工程经营部，原先的五个项目人员并入工程经营部，工程经营部除承揽总承包工程并组织总承包项目实施外，原有的生产经营协调、生产调度、价格及合同预算管理等职能继续履行。

云南省建筑工程总公司经营部、工程部

1991年2月22日，云南省建筑工程总公司增设经营部、工程部。7月26日，总公司经营部和云南省工程承包公司、云南省云海公司实行三块牌子一个机构。1992年5月13日，根据《总公司本部“三定”方案》所定的机构设置、主要职责和定编人数的要求，经营部主要负责对外承揽任务，下属企业投标协调控制；合同预决算、费用定额，价格管理及总公司本部总承包项目的经营业部，编制12人。工程部主要负责施工管理、计划统计、生产调度、工业生产和项目法施工管理；总公司本部总承包工程的项目实施；参与施工组织设计编制。编制10～17人。